L’Autorité de régulation des activités ferroviaires (ARAF) sera plus encadrée. Son président, Pierre Cardo, va être flanqué de deux vice-présidents, nommés respectivement par le président de l’Assemblée et par celui du Sénat. Par ailleurs, l’arrivée du Haut comité du système ferroviaire peut le priver d’avoir à régler certains différends qui seront traités à l’amiable par celui-ci.
Autre nouveauté, un comité des sanctions sera instauré au sein de l’ARAF, indépendant du collège, qui gardera le pouvoir de mise en demeure. Ce comité des sanctions sera composé de trois magistrats (Conseil d’État, Cour de cassation, Cour des comptes).
Néanmoins, l’ARAF voit ses pouvoirs renforcés. Tout en conservant son avis conforme sur la fixation des redevances d’infrastructure. Elle en émettra également un sur « la fixation des redevances relatives à l’accès aux gares de voyageurs et aux autres infrastructures de services ainsi qu’aux prestations régulées qui y sont fournies ».
Par ailleurs, elle aura un rôle élargi dans la problématique de maîtrise de l’endettement ferroviaire. L’ARAF émettra un avis motivé sur le projet de budget de SNCF Réseau. « Cet avis porte notamment sur le respect de la trajectoire financière définie par le contrat conclu entre l’Etat et SNCF Réseau ».